Telepített szoftverek

Megjegyzés

Ez a dokumentáció az akadémiai licenceket tartalmazza, vállalkozói felhasználás esetén kérjük minden esetben tájékozódjon a szoftverek licencfeltételeiről. A zárt forrású rendszerek általában csak akadémiai licenc-sszel rendelkeznek!

Genomikai elemzésekhez használt szoftverek

Telepítés alatt…

Könyvtárak, programozási nyelvek, fejlesztőeszközök

  • cmake – Nyílt forráskódú, ingyenes, több platformon használható program. Szoftverek összeépítésének menedzselését és tesztelését teszi lehetővé – https://cmake.org/

  • cuda – NVIDA által biztosított fejlesztői környezet NVIDA GPUk-ra írt szoftverek fordításához, és futtatásához https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit

  • FFTW – C szubrutin diszkrét Fourier transzformációkhoz egy vagy több dimenzióban. Tetszőleges bemeneti mérettel valódi és komplex adatok használatához is – http://www.fftw.org/

  • GCC – GNU compiler, C és C++ programnyelven írt szoftverek fordításához. Alkalmas továbbá Objective-C, Fortran, Ada, Go és D nyelveken írt programok fordítására is – https://gcc.gnu.org/

  • GMP – Aritmetikai könyvtár tetszőleges pontosságú aritmetikai műveletek elvégzésere egész, racionális, és lebegőpontos számokon – https://gmplib.org/

  • go – Google által fejlesztett programozási nyelv – https://golang.org/

  • HDF5 – Sokrétű adatmodell, mellyel nagyon komplex adatok reprezentálhatóak. Fájl formátumok gyűjteménye, nagy mennyiségű adat tárolására és rendszerezésére. Egyes szupergépeinken phdf5-is taláható, mely a HDF5 paralelizált változata – https://www.hdfgroup.org/solutions/hdf5/

  • Intel OneAPI + HPC Toolkit – Az Intel cég által fejlesztett szoftvercsomag, mely többek között tartalmaz fordítókat (C++, Fortran, stb.), és különböző fejlesztési könyvtárakat (DAAL – Data Analytics Acceleration Library; Integrated Performance Primitives; Math Kernel Library; Message Passing Interface; Threading Building Blocks), valamint debuggert is – https://software.intel.com/content/www/us/en/develop/tools/oneapi/commercial-base-hpc.html

  • JDK – Java Development Kit – Az Oracle cég által fejlesztett platform, Java programozási nyelven ír szoftverek készítéséhez – https://www.oracle.com/java/

  • MPFR – C könyvtár tobbféle precíziós lebegőpontos szamításokhoz megfelelő kerekítéssel – https://www.mpfr.org/

  • NetCDF – (Network Common Data Form) Hardverfüggetlen szoftverkönyvtár, illetve adatformátumok gyűjteménye melyek célja a tömb orientált tudományos adatok létrehozása, elérése és megosztása – https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/

  • OpenMPI – Message Passing Interface – Számítási nodeok közötti kommunikációért felelős könyvtár, illetve protokoll. Szoftverek paralell, több fizikai számítási node-on való futtatását teszi lehetővé. Az Inteles implementacioja Intel – MPI – https://www.open-mpi.org/

  • Python – Python programozási nyelv, szoftverek fejlesztéséhez és futtatásához – https://www.python.org/

  • R – Statisztikai programozási nyelv adatok elemzéséhez, statisztikai vizsgálatokhoz, adatok ábrázolásához. – https://www.r-project.org/about.html

  • Totalview - Szuperszámítógépes környezetben alkalmazható hibafelderítő, Skálázható NVIDIA hibakeresés egy vagy több csomóponton és GPU-n a CUDA segítségével, a programadatok és változók vizualizációja

Molekuladinamika, kvantumkémia

  • Amber – Biomolekuláris szimulációkhoz használt szoftver. Fejlesztése az 1970 években kezdődött, többféle erőtérrel (AMBER-94, 96, 99 stb.) GPU gyorsítással, alacsony memóriaigénnyel. A legtöbb kvantumkémiai szoftverhez tartalmaz interfészt, hibrid QM/MM szimulációkhoz – https://ambermd.org/

  • Ambertools – Az Amber fejlesztőitől származó ingyenesen elérhető szoftvercsomag, mely önmagában illetve az Amber-el is használható. A csomag teljes értékű molekuladinamikai szimulációkhoz is használható – https://ambermd.org/AmberTools.php

  • Gaussian – Az elektronszerkezeti számításokra alkalmazott szoftverek közül az egyik legrobosztusabb és legszéleskörűbben alkalmazott programcsomag. A Schrödinger egyenlet közelítő megoldásával lehetséges a molekulák elektronszerkezetén alapuló tulajdonságaik vizsgálata, a szemiempírikus módszerektől kezdve, az önkonzisztens Hartree-Fock és a sűrűségfunkcionál módszereken át, a magas szintű, igen számításigényes poszt-SCF módszerekig – https://gaussian.com

  • mopac – Szemiempírikus molekulaorbitál számításokhoz használt programcsomag, mely mind szilárdfázisú, valamint molekuláris reakciók számításaihoz is használható – https://www.scm.com/product/mopac/

  • Q-Chem/BrianQC - Kvantumkémiai szoftvercsomag és GPU modul. Alkalmazása többek között a kémia azon területein, amely a ”Schrödinger egyenletet” kívánja megoldani az elektronokra oly módon, hogy a rendszer geometriája ismert.

Matematikai könyvtárak

  • Wolfram Mathematica - Számítási platform, mely kezdeti ötletek tesztelésétől, komplex megoldások megvalósítására is alkalmas nagy teljesítményű (HPC) rendszereken, számítástechnikai területek, pénzügyi modellezés, orvosi képalkotás, repülésmérnöki területek, ipari robotika területén.

Egyéb

  • singularity – Tudományos szoftverek futtatása izolált számítási környezetekben. Teljes tudományos workflow csomagok futtatása konténerezett környezetben. – https://singularity.lbl.gov/