ORCA

ORCA számítás beküldése az ubORKA szkripttel

Fontos

Az ubORCA szkript beküldi a filename.inp-et mint ORCA 5.0.4 jobot a Komondor cpu queue-be. A beküldést az alábbi módon lehet végrehajtani:


/opt/software/packages/orca/ubORCA filename.inp

Hogy a beküldés kényelmesebb legyen a következő alias-t érdemes használni:

alias ubORKA='/opt/software/packages/orca/ubORCA'

Ebben az esetben a beküldés kényelmesen elvégezhető a következő paranccsal (ezután az ubORKA használandó az ubORCA helyett). .. code-block:: bash

ubORKA filename.inp

Az ubORKA szkript csak az .inp kiterjesztésű ORCA input fájlokat küldi be a cpu queue-be. Az ORCA input fájlnak tartalmaznia kell a következő formátumban a CPU-k számára és az allokált memóriaméretre vonatkozó információkat (ellenkező esetben a job beküldése sikertelen és az output fájl mérete nulla marad):

%pal
nprocs 4
end
%maxcore 5000

Mivel az ORCA 5.0.4-tel lehetséges a párhuzamos futtatás végzése OpenMPI környezetben azok számát meg kell adni az ORCA inputban. Ezt az információt az ubORKA szkript segítségével automatikusan átadja a SLURM-nek. Természetesen ez a szkript nem párhuzamos futtatásra is alkalmas, ekkor nproc 1-et kell megadni az inputban (de ha ez nem szerepel akkor a szkript hibát fog adni). Tapasztalatok szerint nem célszerű több mint 16 cpu-nál többet igényelni a számításokhoz (maximum 782 a Komondor cpu queue-ben). A ubORKA szkript a memóriakiosztást is automatikusan kezeli az ORCA input megadott maxcore értékének felhasználásával. Ez az érték MB-ban adott memóriát folyamatonként. Az ORCA több memóriát is használhat, mint amennyit az ORCA inputban megadott maxcore érték, ezért az SLURM-nak az ORCA inputban megadott memória kiosztásánál többet allokáltunk. Ezt úgy értük el hogy a SLURM az ORCA bemenetben megadott maxcore érték 100/70-szeresét foglalja le memóriaként, elkerülve a node-kon kialakuló túlfoglalást, illetve az operációs rendszernek is a memóriát biztosítani. A maximális fizikai memória 128 GB processzoronként a cpunként. Emellett fontos tudni, hogy a háttértár mérete is okozhat problémát, mivel ez a szkript a feladatot a scratch mappába küldi, amelynek jelenlegi korlátja fiókonként 1,1 TB. A projekt aktuális tárolási szintjét a squota használatával lehet ellenőrizni.

A megfelelő job beküldés esetén: Running 8 parallel processes 7142MB of memory is used per process 57136MB total memory allocated for calculation

Overallocation is prohibited, and the script will display the following message: sbatch: error: Batch job submission failed: Requested node configuration is not available

Az output fájl ugyanazzal a névvel fog rendelkezni, mint az input fájl, csak .out kiterjesztéssel. Amennyiben az input tartalmaz a .xyz, .hess, .spectrum, .gbw, .cpcm. outputok létrehozására utalást, akkor azok is visszamásolásra kerülnek a beküldési mappába. Egy lehetséges próba input:

! B3LYP/G cc-pVDZ Opt Freq
%pal
nprocs 8
end

%maxcore       5000

*xyz 0 1
C    0.765317    0.000000    0.000000
H    1.164483    1.006642    0.170694
H    1.164478   -0.355494   -0.957128
H    1.164488   -0.651149    0.786427
C   -0.765317    0.000000    0.000000
H   -1.164488    0.651723   -0.785951
H   -1.164483   -1.006517   -0.171430
H   -1.164478    0.354794    0.957387
*

Számítási igény becslése

Általános érvényű szabály az ORCÁ-val végzett számításokra nincsen, hiszen nagyon eltérő méretű kémiai rendszerek és nagy eltérő erőőforrásigényű elméleti módszerek vannak az ORCÁ-ban implementálva. Mivel az erőforrásigényeket több tényező is befolyásolja, ezért a teljesítményigény felmérését magadnak kell kitapasztalnod. Például a fent említett inputra az ott megadott CPU és memóriakiosztás adta a legrövidebb futási időt, de csak háromszor gyorsabb, mint ha 1 CPU-n lett volna futtatva, ezért nprocs 4 még gazdaságosabb választás lenne, ha a maxcore 7500 MB-ra van beállítva, mivel ebben az esetben a sebesség 2,5-szörösére nő, így kevesebb vesztett cpu óra. Amennyiben inkább saját specifikus SLURM szkriptet kívánsz készíteni, akkor az ORCÁ-ra /opt/software/packages/orca/orca mappára való mutatással tudod meghívni.

Az ORCA 5.0.4 specifikus információi a következő helyeken elérhetők:

https://www.orcasoftware.de/tutorials_orca/ https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal

Update: 2024.03.08.