Singularity - Konténer környezet

Singularity

A singularity egy kifejezetten HPC felhasználásra optimalizált konténer környezet, amely képes docker és singularity konténereket is futtatni a SLURM ütemező használatával.

Először töltsük a singularity modult:

module load singularity

Konténer jobok futtatása

A konténert a singularity exec paranccsal lehet elindítani. Példa egy slurm-ön keresztüli konténer futtatásra:

$ srun --partition=<partition> --account=<account> singularity exec ubuntu.sif cat /etc/os-release

Fontos, hogy a /project/ és a /scratch/ tárhelyeket bindolni szükséges a singularityn belül ahhoz, hogy használhassuk a konténerben a következő módon (az account a felhasználó neve):

$ srun --partition=<partition> --account=<project_name> singularity exec -B /scratch/<project_name> ubuntu.sif ls /scratch/<account>

Ahhoz, hogy az MPI megfelelően működjön, a konténeren belül is a host MPI-t szükséges használni. A megfelelő beállításhoz tekintse át a következő linken lévő információkat: Ugrás a Github-ra

Kérem vegye figyelembe, hogy a megfelelő gépen található útvonalakat a singularity-n belül mappelni kell az alábbi használatával:

LD_LIBRARY_PATH